Dans un futur lointain, une hormone psionique octroyant des pouvoirs extrasensoriels est découverte dans le cerveau humain. Le monde tel que nous le connaissons a disparu.
Alors que l`humanité s`apprêtait à connaître une nouvelle ère, des mutants agressifs, baptisés "les Autres", arrivèrent du ciel en quête de cerveaux humains. Très résistants aux méthodes d`attaque conventionnelles, des mesures extrêmes furent nécessaires pour repousser cette menace et sauver l`humanité.
Les personnes aux capacités extrasensorielles les plus aiguisées, appelés psioniques, nous permirent de faire face à cette attaque céleste. Depuis lors, on recherche les psioniques pour les recruter dans la Brigade d`élimination des Autres (BEA), la dernière ligne de défense de l`humanité.
Incarnez Yuito Sumeragi, une nouvelle recrue de la BEA aspirant à devenir un psionique d`élite, tout comme la personne qui l`a sauvé quand il était enfant. Armé du pouvoir de psychokinésie, explorez la ville futuriste de Néo-Himuka et plongez dans cet univers où se mêlent technologie et pouvoirs psychiques dans SCARLET NEXUS.